Fleshgod Apocalypse boli založení v Perugii v roku 2007 a krátko po svojom štarte vydali svoju prvú demonahrávku. To bolo v nasledujúcom roku vydané aj na spoločnom CD s ďalšími talianskymi kapelami Septical Gore, Modus Delisti a Onirik. Už v roku 2008 podpísali zmluvu s Neurotic Records a koncertne podporili kapely ako Behemoth, Dying Fetus, Hate Eternal, Napalm Detah či Suffocation. V Máji 2008 kapela nahrala svoj debutový album, rozišla sa s firmou Neurotic a album „Oracles" tak vychádza až v roku 2009 u Willowtip Records.
Krátko po vydaní debutu kapela mení zostavu a v 16.Cellar Studios nahráva EP „Mafia" a vydáva sa na samostatné turné po Európe, na ktorom podporuje kapelu Suffocation. V roku 2011 podpisujú zmluvu s labelom Nuclear Blast Records a posúvajú sa tak do prvej línie extrémneho death metalu. Druhý dlhohrajúci album „Agony" kapela vydala v Auguste 2011.
Tento album okrem vlastnej tvorby obsahuje aj cover „Heartwork" od death metalového božstva Carcass. Kapela odohrala turné po USA a dokonca sa objavila aj na koncertoch v Južnej Afrike, kde vystupovala s miestnymi death metalovými kapelami.
Ďalším, v poradí tretím albumom sa stal „Labyrinth", ktorý bol vydaný v roku 2013. Zatiaľ posledným zásekom je štvrtý album „King", ktorý na etikete Nuclear Blast Records vyšiel vlani. V súčasnosti kapela pripravuje svoje samostatné turné, v rámci ktorého sa až 3x zastaví aj na Slovensku, a to vďaka agentúre EPG.