Bohatá výstava návštevníka oboznámi s históriou múzea od vzniku Historického a archeologického spolku Komárňanskej župyv roku 1886 až po súčasnosť, s dôrazom na formovanie sa zbierkových fondov.
V roku 1900 dostal spolok nový názov Muzeálny spolok Komárňanskej župy a mesta Komárna Zbierka tohto spolku tvorila základ neskoršieho múzea. Významným medzníkom v živote múzea bol rok 1911, keď zlúčením Muzeálneho spolku so Vzdelávacím spolkom a Župnou knižnicou bol vytvorený Jókaiho vzdelávací a muzeálny spolok. V roku 1913 bola na základe projektov budapeštianskeho univ. prof. Dezső Hültla postavená nová účelová budova Jókaiho spolku – Kultúrny palác, dnešné sídlo múzea.
Po druhej svetovej vojne sa začala nová etapa v živote múzea. V roku 1948 bolo založené Okresné múzeum, ktoré v roku 1949 dostalo názov Podunajské múzeum. Nový štatút múzea z roku 1991 umožnil rozšírenie zberateľskej a vedeckovýskumnej činnosti inštitúcie na celé územie Slovenska, obývané aj občanmi maďarskej národnosti.
Na koordinovanie tejto činnosti bolo zriadené maďarské národnostné oddelenie múzea. V roku 2002 múzeum prešlo do správy Nitrianskeho samosprávneho kraja a zmenil sa aj jeho názov na Múzeum maďarskej kultúry a Podunajska v Komárne.
V januári 2008 inštitúcia dostala späť svoje pomenovanie Podunajské múzeum v Komárne. V súčasnosti jeho základným poslaním je na základe prieskumu a vedeckého výskumu cieľavedome zhromažďovať, vedeckými metódami zhodnocovať, odborne spravovať a ochraňovať, vedecky a kultúrno-výchovne využívať hmotné i nehmotné doklady a dokumenty o vývoji a súčasnom stave spoločnosti na území okresu Komárno, ako aj o vývoji prírody južnej časti Podunajskej nížiny v okresoch Komárno a Nové Zámky.
V rámci užšej špecializácie sa múzeum zameriava na históriu, národopis a dejiny kultúry maďarskej národnostnej menšiny, na výskum a dokumentáciu interetnických vzťahov na území Nitrianskeho samosprávneho kraja ako aj na výskum a dokumentáciu rímskych pamiatok v okrese Komárno.
V rozsiahlom zbierkovom fonde múzea v súčasnosti evidujú viac ako 140 tisíc kusov zbierkových predmetov.